Der öffentliche Mitteleinsatz mit seinen zahlreichen Querschnittsthemen ist insbesondere bei gebietskörperschaftenübergreifenden Themen vielfach durch Aufgabenverflechtungen und eine geringe Transparenz bei Zahlungsflüssen gekennzeichnet. Auch Doppelgleisigkeiten und Ineffizienzen stellen aus Sicht des Rechnungshofes ein hohes Risiko dar. Nach Ansicht des Rechnungshofes fehlen – wie schon in den Vorjahren aufgezeigt – die Abstimmung und der Informationsaustausch zwischen den beteiligten Gebietskörperschaften sowie eine ausreichende Transparenz bei den Zahlungsströmen. Deshalb ist für den Rechnungshof die Verstärkung der gesamtstaatlichen Betrachtungsweise hinsichtlich des öffentlichen Mitteleinsatzes ein wesentliches Anliegen.
Der Rechnungshof trägt mit seinen gebietskörperschaftenübergreifenden Querschnittsprüfungen zu größerer Transparenz hinsichtlich des öffentlichen Mitteleinsatzes bei. Er setzt sich zum Ziel, durch seine Gebarungsüberprüfungen Finanzverflechtungen sowie Finanzierungs-, Aufgaben- und Ausgabenstrukturen aufzuzeigen. Im Rahmen seines Prüfungsschwerpunkts 2016 „Wirksamkeit des öffentlichen Mitteleinsatzes im Hinblick auf Nachhaltigkeit und Generationengerechtigkeit“ legte er daher den Allgemeinen Vertretungskörpern 17 Querschnittsprüfungen vor. Der Rechnungshof stellte im Jahr 2016 beispielsweise fest, dass der Finanzausgleich zunehmend seine Bedeutung zur Regelung des Verteilungsmechanismus zwischen Bund und Ländern verlor („Zahlungsströme zwischen den Gebietskörperschaften mit dem Schwerpunkt Bedarfszuweisungen in den Ländern Niederösterreich und Steiermark“, Reihe Bund 2016/4). Die Aufteilung der Gemeindeertragsanteile im Rahmen des Finanzausgleichs beruhte vielfach auf historischen Bezugsgrößen und aktuelle Entwicklungen wurden nicht ausreichend berücksichtigt („Der abgestufte Bevölkerungsschlüssel im Finanzausgleich“, Reihe Bund 2016/4). Hinsichtlich der Forschungsfinanzierung erhob der Rechnungshof, dass – obwohl die Forschung einen wesentlichen Faktor für die nachhaltige Sicherung der wissenschaftlichen und wirtschaftlichen Entwicklung in Österreich darstellte (die Forschungsfinanzierung betrug im Jahr 2014 rd. 3,106 Mrd. EUR) – kein Gesamtüberblick über diesen Bereich bestand. Außerdem gab es in der Forschungsfinanzierung eine Vielzahl an Akteurinnen und Akteuren: in Summe 216 Organisationseinheiten des Bundes und der Länder. Hinzu kamen 24 Forschungsförderungsagenturen des Bundes und der Länder. Dadurch erwiesen sich die Zahlungsströme als komplex und unübersichtlich („Forschungsfinanzierung in Österreich“, Reihe Bund 2016/8). Mit seiner Gebarungsüberprüfung („Ausgewählte gebietskörperschaftenübergreifende Leistungen im Bereich der Schulbehörden“, Reihe Bund 2016/8) stellte der Rechnungshof fest, dass – obwohl die Länder Burgenland, Niederösterreich, Oberösterreich, Steiermark und Wien die Diensthoheit über die Landeslehrer weitgehend und in vergleichbarem Umfang an die Schulbehörden des Bundes übertragen hatten – diese fünf Länder dem Bund den entstandenen Mehraufwand in unterschiedlicher Höhe (zwischen rd. 8 % und 40 % des Personal- und Sachaufwands) ersetzten. Aufgrund der kompetenzrechtlichen Gemengelage im Schulwesen und der Schwierigkeiten bei der Zuordnung und Erfassung der Aufgaben gelang österreichweit keine zweifelsfreie Einigung hinsichtlich der Berechnung und der Höhe des Mehraufwands. Die Feststellungen des Rechnungshofes zeigten die Notwendigkeit der von ihm verlangten Transparenz über den Mitteleinsatz und der Abstimmung zwischen den betroffenen Stellen auf.
Das hohe Interesse an gebietskörperschaftenübergreifenden Berichten zeigt sich auch dadurch, dass im Jahr 2016 56 Querschnittsprüfungen (2015: 32) in Rechnungshof-Ausschüssen inhaltlich behandelt wurden.
Der Rechnungshof verfolgt sein Wirkungsziel seit dem Jahr 2013 beharrlich durch das Aufzeigen von Ineffizienzen und Abstimmungsmängel und durch das Darstellen von Zahlungsströmen in vielen Bereichen (z. B. Gesundheit, Forschung) und trug somit zur Verstärkung der gesamtstaatlichen Betrachtungsweise bei.