Aufgrund der oft fehlenden Transparenz bei gebietskörperschaftenübergreifend aufgewendeten Mittel und dem damit verbundenen Risiko von Doppelgleisigkeiten bzw. Ineffizienzen sieht der Rechnungshof die Verstärkung der gesamtstaatlichen Betrachtungsweise hinsichtlich des öffentlichen Mitteleinsatzes (insbesondere in Form von gebietskörperschaftenübergreifenden Querschnittsprüfungen) als eine seiner wesentlichsten Aufgaben. Im Rahmen seiner Prüfungstätigkeit konnte er immer wieder feststellen, dass es bei der Mittelvergabe durch die öffentliche Hand viele Schnittstellen und Mitwirkende gab und es hier an Transparenz fehlte. So finanzierten beispielsweise in der Steiermark das Bundesamt für Soziales und Behindertenwesen (Bundessozialamt), das Land Steiermark, das Arbeitsmarktservice sowie die Pensionsversicherungs- oder Krankenversicherungsträger Leistungen für Menschen mit Behinderung. Betroffenen standen bis zu 16 verschiedene Ansprechpartnerinnen bzw. Ansprechpartner gegenüber („Sozialabteilung der Landesregierung Steiermark und Bundessozialamt – Koordination und Parallelität“, Reihe Steiermark 2012/7). Es fehlt nach Ansicht des Rechnungshofes die Abstimmung und der Informationsaustausch zwischen den beteiligten Gebietskörperschaften (wie z.B. auch im Bereich der Förderungsvergaben). Der öffentliche Mitteleinsatz mit seinen vielfältigen Querschnittsthemen ist vielfach durch Aufgabenverflechtungen und geringe Transparenz bei Zahlungsflüssen gekennzeichnet.
Der Rechnungshof trägt durch seine gebietskörperschaftenübergreifenden Querschnittsprüfungen zu größerer Transparenz hinsichtlich des öffentlichen Mitteleinsatzes bei. Sein Ziel ist es, durch eine Intensivierung der Gebarungsüberprüfungen Finanzverflechtungen sowie Finanzierungs-, Aufgaben- und Ausgabenstrukturen aufzuzeigen. Aus diesem Grund legt er sowohl in seiner Strategie als auch in seiner jährlichen Prüfungsplanung einen Fokus auf Querschnittsthemen, wie etwa im Jahr 2015 mit dem Schwerpunkt „Aufgabenreform“. Er führte in diesem Jahr 14 Querschnittsprüfungen durch. Wesentliche Feststellungen betrafen dabei beispielsweise den Bereich der Förderungen. Hier zeigte der Rechnungshof im Rahmen seiner Gebarungsüberprüfung „Betriebliche Umweltförderungen des Bundes und der Länder“ (Reihe Bund 2015/17) auf, dass die Vielfalt der Förderprogramme wie auch ihre Heterogenität in Aufbau, Inhalt und Begrifflichkeit die Förderlandschaft unübersichtlich machten. Die Förderung desselben Projekts durch mehrere Förderstellen war in der Administration aufwendig und erhöhte das Risiko unzweckmäßiger und unzulässiger Parallelförderungen. Die Gebarungsüberprüfung „Schulbehörden in Oberösterreich und Tirol: Lehrerpersonalverwaltung“ (Reihe Bund 2015/13) lieferte ein Beispiel für eine hohe Zahl an unterschiedlichen Mitwirkenden: In Oberösterreich waren in Summe 20 Behörden und in Tirol (ohne Übertragung der Diensthoheit über das Landeslehrpersonal) 21 Behörden (ohne Schulleitungen) mit den Agenden des Bundes– und Landeslehrpersonals befasst. Daneben nahmen auch das Bundesministerium für Bildung und Frauen sowie weitere Institutionen (z.B. Bundesrechenzentrum GmbH) Aufgaben bei der Lehrpersonalverwaltung wahr. Die Gebarungsüberprüfung „Konsolidierungsmaßnahmen der Länder“ (veröffentlicht z.B. in Reihe Burgenland 2015/5) zeigte die Entwicklung des Vermögens und der Finanzschulden auf Länderebene auf und stellte diesen die mittelfristige Planung gegenüber, um die Sicherstellung der nachhaltigen Finanzierbarkeit öffentlicher Leistungen transparent zu machen. Dabei stellte der Rechnungshof fest, dass der Rückgang der Einnahmen infolge der Finanzkrise die Haushalte vieler Länder und der Stadt Wien unter Finanzierungsdruck brachte, weil die Ausgaben nicht rasch genug an die Einnahmen angepasst wurden. Auch der Bereich der Haftungsobergrenzen war durch Intransparenz gekennzeichnet, die den gesamtstaatlichen Nutzen der Regelung zur Haftungsbegrenzung in Frage stellte („Haftungsobergrenzen im Bereich der Länder und Gemeinden“, veröffentlicht z.B. in Reihe Burgenland 2015/4). Die Haftungsobergrenzen der Länder und der Stadt Wien betrugen für 2012 insgesamt 30,614 Mrd. EUR. Ihre tatsächlichen Haftungen lagen Ende 2012 insgesamt bei 70,411 Mrd. EUR und waren damit mehr als doppelt so hoch wie die Summe aller Haftungsobergrenzen. Um die Haftungsobergrenzen einzuhalten, sahen die meisten Länder vor, Haftungen entweder nicht (bspw. die Bankenhaftungen) oder nicht in ihrer vollen Höhe in die Haftungsobergrenzen einzubeziehen.
Im Rahmen seines Nachfrageverfahrens erhebt der Rechnungshof jährlich den Umsetzungsgrad seiner Empfehlungen. Dieses ergab, dass rd. 65 % der Empfehlungen aus Querschnittsprüfungen im Jahr 2015 umgesetzt wurden bzw. sich in Umsetzung befanden. Im Vergleich zu den rd. 75 % der umgesetzten bzw. sich in Umsetzung befindlichen Empfehlungen aus allen Gebarungsüberprüfungen des Rechnungshofes zeigt sich, dass Empfehlungen, die Kompetenz- und Strukturbereinigungen erfordern würden, weniger umgesetzt werden.
Zur weiteren Verstärkung der gesamtstaatlichen Betrachtungsweise des öffentlichen Mitteleinsatzes veröffentlichte der Rechnungshof bereits seine Position zum Thema „Interne Kontrollsysteme“ und wird 2016 ein Positionspapier zu diesem Thema samt Leitfäden zur Überprüfung Interner Kontrollsysteme veröffentlichen. Außerdem wird der Rechnungshof im Juni 2016 eine neue Position zur Verwaltungsreform veröffentlichen.
Die erfolgreiche Zielverfolgung zeigt sich auch darin, dass im Jahr 2015 32 Querschnittsprüfungen in Rechnungshof-Ausschüssen inhaltlich behandelt wurden und damit ein Zielerreichungsgrad von rd. 107 % realisiert werden konnte.
