Der Rechnungshof verfolgt sein Ziel, die Wirksamkeit seiner Prüfungs- und Beratungstätigkeit zu erhöhen, mit fundierten und aktuellen Berichten. Indem er immer wieder bestehende Verbesserungspotenziale aufzeigt und lösungsorientierte Empfehlungen anbietet, unterstreicht er seinen Beratungsansatz und schafft einen Mehrwert für die überprüften Stellen. Zur Verstärkung seiner Wirkung verfolgt der Rechnungshof den Umsetzungsstand seiner Empfehlungen. In diesem Bereich finden sich stabile Rahmenbedingungen: Die Empfehlungen der Berichte des Vorjahres werden bei den jeweiligen überprüften Stellen auf ihren Umsetzungsstand abgefragt. In der Folge verifiziert der Rechnungshof bei ausgewählten Berichten – im Rahmen sogenannter Follow-up-Überprüfungen – die Angaben der überprüften Stellen.
Der Rechnungshof hat zur Verstärkung seiner Wirkung ein eigenes System der Wirkungskontrolle entwickelt. In einer ersten Stufe werden die Empfehlungen aus den Berichten des Vorjahrs einem Nachfrageverfahren unterzogen. Er fragt dabei nach, inwieweit die überprüften Stellen seine Empfehlungen umgesetzt haben. Im Nachfrageverfahren für das Jahr 2015 fragte der Rechnungshof im Jahr 2016 den Umsetzungsstand von rd. 2.800 Empfehlungen nach, wovon laut Angaben der überprüften Stellen rd. 41 % umgesetzt waren und bei rd. 37 % die Umsetzung zugesagt wurde. Insgesamt konnte daher bei rd. 78 % der Empfehlungen eine Wirkung erzielt werden, was einer Steigerung gegenüber dem Vorjahr um rd. drei Prozentpunkte entspricht.
In der zweiten Stufe der Wirkungskontrolle baut der Rechnungshof auf Basis der Ergebnisse des Nachfrageverfahrens mit Follow-up-Überprüfungen auf. Diese sind das effektivste Instrument der Wirkungskontrolle, weil der Rechnungshof vor Ort die tatsächliche Umsetzung seiner Empfehlungen überprüft. Im Jahr 2016 veröffentlichte er Berichte zu 23 Follow-up-Überprüfungen und überprüfte dabei den Umsetzungsstand von insgesamt 468 Empfehlungen. Auch hier zeigte sich mehrfach, dass Empfehlungen mit Strukturveränderungen bzw. gebietskörperschaftenübergreifenden Abstimmungserfordernissen eine geringere Umsetzungsquote haben. Beispielsweise setzte das BMBF, die Landesschulräte für Salzburg und Vorarlberg sowie die Länder Salzburg und Vorarlberg einen Großteil der 20 Empfehlungen des Rechnungshofes, die er im Jahr 2013 zu den Modellversuchen Neue Mittelschule veröffentlichte, um bzw. teilweise um. Eine langfristige Lösung, die im Hinblick auf eine Strukturbereinigung im Schulwesen darin bestand, die Aufgaben-, Ausgaben- und Finanzierungsverantwortung in einer Hand zu konzentrieren, war jedoch weiterhin offen („Modellversuch Neue Mittelschule; Follow-up-Überprüfung“; Bund 2016/5). Im Bereich der Gesundheitsvorsorge zeigte eine Follow-up-Überprüfung des Rechnungshofs, dass nunmehr einheitliche Begriffe und Grundlagen für ein gemeinsames Vorgehen der Systempartner vorlagen und alle aufgewendeten Mittel einer abgestimmten Strategie unterstellt wurden („System der Gesundheitsvorsorge“; Follow-up-Überprüfung“; Bund 2016/19). Auch hinsichtlich der Kinderbetreuung für 0- bis 6-Jährige konnte der Rechnungshof feststellen, dass sowohl das BMFJ als auch das Land Niederösterreich seine Empfehlung zur Kontrolle der Ausbauvereinbarung 2011 konsequent umsetzten („Kinderbetreuung für 0- bis 6-Jährige; Follow-up-Überprüfung“, Reihe Bund 2016/4).
Im Rahmen seiner Beratungstätigkeit stellt der Rechnungshof sein Wissen auch anderen Kontrolleinrichtungen zur Verfügung und pflegt einen Erfahrungsaustausch, um die Kontrolle gesamtheitlich zu stärken. Beispielsweise findet jährlich im Rechnungshof die Fachtagung der Bauprüferinnen und –prüfer statt, die einen regen Wissensaustausch zu wechselnden bauspezifischen Themen ermöglicht. Um die Kooperation mit den Landesrechnungshöfen und dem Europäischen Rechnungshof zu intensivieren, lud der Rechnungshof im November 2016 zur ersten Konferenz der Rechnungshöfe ein. Themen waren die Abstimmung der Prüfungstätigkeit und die Vertiefung der Zusammenarbeit, was zukünftig auch zu einer gemeinsamen Ausbildung der Prüferinnen und Prüfer des Rechnungshofes und der Landesrechnungshöfe führen wird.
Im internationalen Bereich stellte der Rechnungshof sein Know-How im Jahr 2016 im Rahmen des Projekts „INTOSAI Peer Reviews on Independence“ zur Verfügung. Hier führten Prüferinnen und Prüfer des Rechnungshofes gemeinsam mit Prüferinnen und Prüfern anderer Oberster Rechnungskontrollbehörden (ORKB) Peer Reviews zur Unabhängigkeit in sieben ORKB durch. Als Ergebnis dieser Prüfung wurde u. a. ein Querschnittsbericht mit lösungsorientierten Empfehlungen erstellt.