Zur Erfüllung des verfassungsgesetzlichen Auftrages, die Menschenrechte zu schützen und zu fördern, setzte die VA mit Juli 2012 sechs Kommissionen mit insgesamt 48 nebenberuflich tätigen Mitgliedern ein. Der Nationale Präventionsmechanismus hat zur Besorgung seiner Aufgaben entsprechend dem OPCAT-Durchführungsgesetz die von ihm eingesetzten und multidisziplinär zusammengesetzten Kommissionen zu betrauen. Im Bedarfsfall können die regionalen Kommissionen Expertinnen und Experten aus anderen Fachgebieten beiziehen, soweit ein Kommissionsmitglied einer anderen Kommission dafür nicht zur Verfügung steht. Die Kommissionen sind nach regionalen Gesichtspunkten organisiert. Sie bestehen 2014 aus jeweils sieben Mitgliedern und einer Kommissionsleiterin bzw. einem Kommissionsleiter.
Die Kommissionen hatten im Jahr 2014 insgesamt 428 Einsätze. Sie besuchten Orte der Anhaltung im Sinne des OPCAT-Mandats, Behinderteneinrichtungen nach der UN-BRK und beobachteten polizeiliche Zwangsakte. In 366 Fällen waren die Besuche und Beobachtungen unangekündigt, in 62 Fällen angekündigt. Die Durchführung unangekündigter Besuche ist daher die Regel. Die Tätigkeit der VA ist in sehr hohem Ausmaße davon geprägt, dass sie nicht (nur) Beanstandungen ausspricht, sondern intensiv lösungsorientiert arbeitet.
In der Regel schließt die VA daher die Verfahren, die sich an die Übermittlung von Kommissionsprotokollen anschließen, erst nach längerer Zeit, oft erst im darauffolgenden Jahr, endgültig ab. 2014 beanstandete die VA in 272 Fällen die menschenrechtliche Situation. Da die Kommissionen im Zuge ihrer Besuche regelmäßig mehrere Kritikpunkte aufgreifen, sprach die VA zahlreiche Empfehlungen aus. Die VA befasst sowohl bei Systemfragen als auch bei einrichtungsspezifischen Mängeln die zuständigen Ministerien bzw. Aufsichtsbehörden, gelegentlich auch die Einrichtungen selbst. Daneben arbeitet die VA auch in ministeriellen Arbeitsgruppen oder Arbeitsgruppen mit Bundesländern mit.
Aufgrund der umfangreichen Prüfung im Einzelfall basierend auf dem Grundsatz „Qualität vor Quantität“ wurde der angestrebte Zielzustand überwiegend erreicht.
