Die tatsächliche Gleichstellung von Frauen und Männern stellt eine Querschnittsmaterie über alle Bereiche dar. Der „Allgemeine Einkommensbericht 2016“ (Reihe Einkommen 2016/1) des Rechnungshofs zeigte, dass es noch immer beträchtliche Einkommensunterschiede zwischen Frauen und Männern gibt. Ein Teil der Einkommensdifferenzen zwischen den Geschlechtern lässt sich zwar auf Teilzeitarbeit der Frauen zurückführen, aber auch wenn nur ganzjährig Vollzeitbeschäftigte verglichen werden, erreicht der Median des Bruttojahreseinkommens der Frauen nur 83 % des mittleren Männereinkommens.
In einigen Gebarungsüberprüfungen stellte der Rechnungshof in der Vergangenheit fest, dass fundierte genderdisaggregierte Datengrundlagen fehlten und somit nicht sichergestellt war, dass sämtliche relevante Gender Gaps evident waren und Gegensteuerungsmaßnahmen ergriffen wurden. Zur Erreichung der tatsächlichen Gleichstellung von Frauen und Männern ist der Rechnungshof bestrebt, Bereiche aufzuzeigen, in denen es noch immer Benachteiligungen zwischen den Geschlechtern gibt.
Sowohl innerorganisatorisch als auch im Rahmen von Gebarungsüberprüfungen legte der Rechnungshof im Jahr 2017 einen Schwerpunkt auf die Gleichstellung von Frauen und Männern. So führte er zum Beispiel zwei Gleichstellungsprüfungen durch, in denen er Defizite in der Ambition, in der Abstimmung mit anderen Organisationen und in der Steuerung aufzeigte. In zahlreichen Berichten wies der Rechnungshof auf die unausgeglichenen Besetzungen von Entscheidungs- und Führungsgremien hin. In circa jedem fünften Bericht fanden sich Ausführungen zum Thema Gleichstellung. Im Hinblick auf seine Vorbildwirkung verfügt der Rechnungshof über einen Anteil von rund 48 % an weiblichen Bediensteten und rund 40 % an weiblichen Führungskräften sowie durchgängig gemischten Prüfteams. Der Rechnungshof erarbeitete ein Führungskräfteleitbild, welches ausdrücklich festlegt, dass er Diversität schätzt. Der Rechnungshof nutzt die Vielfalt und unterschiedlichen Stärken seiner Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.
